Capilla Carafa (Santo Tomás de Aquino)
El cardenal dominico Oliviero Caraffa (1430-1511), que da nombre a esta capilla, tenía una tan gran admiración y devoción a santo Tomás de Aquino (1224-1274) que resolvió construir y decorar en su honor esta espléndida capilla, aconsejándose de Lorenzo el Magnífico, por el pintor Fippino Lippi.
En la bóveda se pueden contemplar representadas cuatro sibilas. El escudo del centro es el de la familia del cardenal. El muro central sitúa dentro de la escena de la Anunciación a la figura de santo Tomás, el cual presenta el cardenal Caraffa a la Virgen María. En la parte alta se encuentra la imagen de la Asunción de María rodeada por un corro de ángeles que parecen danzar en torno a ella tañendo diversos instrumentos musicales. Nos encontramos frente a un pequeño pero fiel inventario de instrumentos de la época. En el muro derecho se refiguran algunas escenas de la vida de santo Tomás. Sobre la luneta, a la izquierda, se representa el milagro del Crucificado, el cual hablando a santo Tomás le dice: "Has hablado bien de mi Tomás, ¿qué recompensa quieres?" a lo cual parece que el santo le contestó "Sólo a ti Señor".
En la parte inferior se puede ver a santo Tomás sentado sobre su cátedra teniendo en su mano un códice en el que se puede leer: "Sapientiam sapientum perdam" que significa "Destruiré la sabiduría del sabio", frase extraída de los escritos de san Pablo. Delante suyo se sitúa un personaje de siniestro aspecto que simboliza el pecado con una inscripción que reza "Sapientia vincit malitiam", es decir "La sabiduría vence al mal". Se trata de una clara alusión a la espiritualidad dominicana que siempre se ha caracterizado por su búsqueda de la Verdad y por su lucha contra el vicio y el error. Flanqueando al santo se aprecian cuatro figuras femeninas que representan la filosofía, la teología, la dialéctica y la gramática.
Los frescos del muro izquierdo, que debieron representar los vicios y las virtudes, se han perdida al ocupar su espacio la monumental tumba del Papa Pablo IV, uno de los cinco Pontífices que están sepultados en la basílica. Los mármoles y toda la decoración de la capilla son realmente una verdadera joya digna de ser admirada.